診断書

「悪意」の観点で法廷で争うといっても、司法の裁判所では法律用語として解釈されるわけです。
少なくとも、

懲戒委員会で懲戒免職の処分が下ったときに、この処分が妥当であるかといったところの泥仕合での争いにしかならないわけですねw
理研の報告書の結論にはなりますが、研究不正に係る疑義を生ぜしめた者は、事実関係を科学的根拠を示して誠実に説明しなければならないという義務があるわけです。
調査結果を覆すに足る資料の提出その他当該事案の速やかな解決のために必要な協力をすることとも書かれてます。
ヒアリングの要請、実験ノートや資料の確認・提出、法律専門家の意見の提出について、いずれもなされておらず、診断書の提出もないといったところで、小保方氏に何の正当性もなければ、何の誠意もないわけです。
理研側も不服申し立てが出されてから確認を行って、約1カ月間に表には出していないけど、明らかになった内容のほとんどは、小保方氏にとって不利で不正認定を覆すどころか、補強する材料になってしまったわけです。